10世紀前半に編さんされたとされる延喜式神名帳にも記された式内社の一つで、大山山頂の本社に石尊大権現を祀っています。大山寺と並び大山詣りの目的地の一つであり、今でも毎年大山講をはじめ多くの参拝客が訪れています。
　長く神仏混淆の状況が続いていましたが、明治政府の神仏分離政策により大山寺が廃されると、大山寺の不動堂(本堂)跡地に阿夫利神社の下社が建立され、山頂には本社が建てられました。
　この神社では、大山祗大神、大雷神、高龗神の三神を祀っています。大山祗大神は富士山に祀られている木花咲耶姫の父とされており、大山と富士山の両山を参拝する「両詣り」も盛んに行われました。
　山から少し下りた宿坊群の中には神社の社務局があります。毎年8月末には秋季例大祭が執り行われ、山から神輿で神を降ろし、社務局まで行列が練り歩く「お下り」が行われています。